Dos genes situados en el mismo cromosoma están ligados: sus alelos tienden a viajar juntos a los gametos, y un dihíbrido produce más gametos parentales (, ) que recombinantes (, ). Los recombinantes solo aparecen cuando un entrecruzamiento cae entre los dos loci, de modo que su frecuencia — contada directamente en un cruzamiento de prueba — mide la distancia: va de 0 (ligamiento completo) a (genes tan alejados, o en cromosomas distintos, que se reparten de forma independiente). La unidad de distancia genética es el centimorgan (cM): equivale a un de recombinación para genes estrechamente ligados; en el ser humano, corresponde a alrededor de un millón de pares de bases. El ligamiento fue la primera prueba de que los genes están dispuestos en línea a lo largo del cromosoma.
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