Qu'est-ce que « Association pangénomique » ?

Un polymorphisme nucléotidique (SNP) est une position où deux bases apparaissent chacune chez au moins $1\,\%$ d’une population ; une dizaine de millions sont fréquents chez l’homme. Une étude d’association pangénomique (GWAS) génotype des centaines de milliers de SNP chez des milliers de personnes atteintes d’une maladie et des milliers d’indemnes, et demande à chaque SNP si un allèle est plus fréquent chez les cas. Comme un million de tests sont faits, un résultat ne compte qu’en deçà d’un seuil de signification voisin de $5\times 10^{-8}$ ($0.05$ divisé par le million de tests effectivement indépendants). Les SNP associés marquent une région et non un variant causal, puisque les allèles voisins voyagent ensemble (déséquilibre de liaison) sur des dizaines de kilobases. Pour la plupart des maladies fréquentes, chacun des allèles associés déplace le risque de quelques pour cent et se trouve le plus souvent en séquence régulatrice ; leur effet combiné, sommé sur des milliers de SNP en un score polygénique, explique une fraction de l’héritabilité et prédit le risque à peu près aussi bien que l’histoire familiale.