Wat is Genoombrede associatie?

Een enkelnucleotidepolymorfisme (SNP) is een positie waar twee basen elk bij minstens $1\,\%$ van een populatie voorkomen; bij de mens zijn er ongeveer tien miljoen algemeen. Een genoombrede associatiestudie (GWAS) bepaalt het genotype van honderdduizenden SNP’s bij duizenden mensen met een ziekte en duizenden zonder, en vraagt bij elke SNP of het ene allel vaker bij de gevallen voorkomt. Omdat er een miljoen toetsen worden uitgevoerd, telt een uitkomst pas onder een significantiedrempel van ongeveer $5\times 10^{-8}$ ($0.05$ gedeeld door de miljoen feitelijk onafhankelijke toetsen). Geassocieerde SNP’s markeren een gebied, niet een oorzakelijke variant, omdat naburige allelen samen reizen (koppelingsonevenwicht) over tientallen kilobasen. Bij de meeste veelvoorkomende ziekten verschuift elk geassocieerd allel het risico met enkele procenten en ligt het meestal in regulerende sequentie; hun gezamenlijke effect, over duizenden SNP’s opgeteld als een polygene score, verklaart een deel van de erfelijkheid en voorspelt het risico ongeveer even goed als de familiegeschiedenis.