La décomposition est la dégradation de la matière organique morte (litière, bois mort, cadavres, déjections) par les détritivores et les décomposeurs en dioxyde de carbone, eau et ions minéraux — la minéralisation. Sa vitesse dépend de la température, de l’humidité, de l’oxygène et de la qualité de la litière (teneur en azote, lignine) : une feuille disparaît en un an dans une forêt chaude et humide, en une décennie sous des conifères d’un versant froid, en quelques millénaires dans une tourbière. Les ions minéraux libérés sont repris par les racines et les microbes, et dans un écosystème mûr ce cycle interne porte l’essentiel du flux d’éléments nutritifs : l’entrée par l’altération des roches et la pluie et la sortie dans l’eau des ruisseaux sont faibles à côté. Un bilan des éléments nutritifs compare entrées, sorties et stocks internes d’un élément pour un écosystème défini ; les cycles biogéochimiques à l’échelle de la planète sont traités dans le volume de deuxième année.