A decomposição é a degradação da matéria orgânica morta (serapilheira, madeira morta, cadáveres, esterco) por detritívoros e decompositores em dióxido de carbono, água e íons minerais — a mineralização. Sua velocidade depende da temperatura, da umidade, do oxigênio e da qualidade da serapilheira (teor de nitrogênio, lignina): uma folha desaparece em um ano numa floresta quente e úmida, em uma década sob coníferas numa encosta fria, em milênios num pântano. Os íons minerais liberados voltam a ser captados por raízes e micróbios, e num ecossistema maduro esse ciclo interno carrega a maior parte do fluxo de nutrientes: a entrada pelo intemperismo e pela chuva e a saída na água dos riachos são pequenas ao lado dele. Um balanço de nutrientes compara as entradas, as saídas e os estoques internos de um elemento para um ecossistema definido; os ciclos biogeoquímicos à escala do planeta são tratados no volume do 2.o ano.