Les protistes sont les eucaryotes qui ne sont ni des animaux, ni des plantes terrestres, ni des champignons — pour la plupart unicellulaires, certains coloniaux, quelques-uns (les laminaires) pluricellulaires. Ils partagent la cellule eucaryote du volume de première année (noyau, mitochondries, endomembranes, cytosquelette, cils ) et rien d’autre en particulier : les lignées qui les contiennent sont aussi éloignées les unes des autres que les animaux le sont des plantes. Les algues vertes se rangent avec les plantes terrestres ; les diatomées et les algues brunes forment une lignée à part ; les ciliés, les dinoflagellés et le parasite du paludisme en forment une autre ; les amibes et les myxomycètes sont plus proches des animaux et des champignons que de tous ceux-là. Le mot désigne un niveau d’organisation — la cellule eucaryote vivant seule — et non une branche de l’arbre.
Exemples
Exemple 1.13 (Quatre manières d’être une cellule eucaryote isolée)
Chlamydomonas : une algue verte ovoïde à paroi glycoprotéique dépourvue de cellulose, un chloroplaste unique en forme de coupe, un stigma orangé qui fait de l’ombre à un photorécepteur pour que la cellule sache de quel côté vient la lumière pendant qu’elle tourne, et deux flagelles antérieurs qui battent à la manière d’une brasse ; c’est un phototrophe. Paramecium : un cilié dont toute la surface bat de cils en vagues coordonnées, un sillon oral en forme de bouche qui balaie les bactéries vers des vacuoles digestives, deux vacuoles contractiles et deux sortes de noyaux — un petit micronucleus germinal et un gros macronucleus fonctionnel qui porte des centaines de copies de chaque gène ; c’est un phagotrophe. Amoeba : ni paroi ni forme fixe, elle se déplace et se nourrit grâce à des pseudopodes que la polymérisation de l’actine pousse vers l’extérieur. La diatomée : une cellule photosynthétique enfermée dans deux valves de silice qui se recouvrent comme une boîte et son couvercle, si finement ornées de pores que ces coques servirent autrefois à tester les objectifs de microscope ; à la division, chaque cellule fille garde une valve et en fabrique une nouvelle, plus petite, à l’intérieur.