असंगति मरम्मत (MMR) उन गलत युग्मों और छोटे अंतर्वेशन–विलोपन फंदों को सुधारती है जो शुद्धि-पाठन से बच निकलते हैं। MutS प्रोटीन (मनुष्यों में MSH2–MSH6) किसी असंगति के विरूपण को पहचानता है और, MutL (MLH1–PMS2) के साथ, किसी एक्सोन्यूक्लिएज़ को अनुज्ञा देता है कि वह नई संश्लेषित लड़ी को पास के किसी कटान से लेकर असंगति के पार तक अपघटित कर दे; अंतराल पॉलीमरेज़ फिर भर देती है। कठिनाई लड़ी-विभेदन की है: किसी असंगति में दो क्षार होते हैं और गलत केवल एक। Escherichia coli में नई लड़ी इसलिए पहचानी जाती है कि वह GATC स्थलों पर अभी मेथिलित नहीं हुई, जिन्हें Dam मेथिलेज़ संश्लेषण के कुछ मिनट बाद चिह्नित करती है; MutH अमेथिलित लड़ी में कटान लगाती है। सुकेंद्रकियों में नई लड़ी ओकाज़ाकी खंडों के बीच के कटानों और अग्रणी लड़ी के मुक्त 3 सिरे से पहचानी जाती है। MMR का ह्रास उत्परिवर्तन-दर सौ से हज़ार गुना बढ़ा देता है, और सबसे स्पष्ट रूप से सूक्ष्म-उपग्रहों पर — किसी छोटी पुनरावृत्ति की ऐसी लड़ियाँ जहाँ पॉलीमरेज़ फिसलती है — जिनकी लंबाइयाँ कोशिका-दर-कोशिका बदलती हैं: सूक्ष्म-उपग्रह अस्थिरता। किसी एक MMR युग्मविकल्पी का वंशागत ह्रास लिंच संलक्षण है, जिसमें लगभग वाहकों को बृहदांत्र-कर्कट होता है, प्रायः पचास से पहले।
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