न्यूक्लियोटाइड फ़ॉस्फ़ोडाइएस्टर बंधों से किसी बहुन्यूक्लियोटाइड में जुड़ते हैं: किसी एक न्यूक्लियोटाइड के कार्बन का फ़ॉस्फ़ेट अगले के हाइड्रॉक्सिल से जुड़ता है। इसलिए शृंखला की एक शर्करा–फ़ॉस्फ़ेट रीढ़ होती है, जो एकसमान और ऋण-आवेशित है (प्रति फ़ॉस्फ़ेट एक आवेश), और जिससे क्षारक एक अनुक्रम के रूप में बाहर निकले रहते हैं; और उसकी एक दिशा होती है: एक सिरा जो मुक्त फ़ॉस्फ़ेट धारण करता है और एक सिरा जो मुक्त हाइड्रॉक्सिल। अनुक्रम लिखे और पढ़े जाते हैं, यानी उसी दिशा में जिसमें शृंखलाएँ संश्लेषित होती हैं। DNA (डिऑक्सीराइबोन्यूक्लिक अम्ल) डिऑक्सीराइबोस और क्षारक A, G, C, T काम में लेता है; RNA (राइबोन्यूक्लिक अम्ल) राइबोस और A, G, C, U।
उदाहरण
उदाहरण 11.4 (RNA नाज़ुक है, DNA टिकाऊ)
राइबोस का हाइड्रॉक्सिल पड़ोसी फ़ॉस्फ़ोडाइएस्टर बंध पर हमला कर सकता है: हल्के क्षार में RNA घंटों के भीतर जल-अपघटित होकर न्यूक्लियोटाइड बन जाता है, जबकि DNA, जिसमें वह हाइड्रॉक्सिल नहीं है, क्षार में उबाल सह लेता है और दसियों हज़ार वर्ष पुरानी हड्डियों से साबुत निकाला जा चुका है। RNA का यूरैसिल बिना मेथिल समूह का थाइमीन है; DNA थाइमीन इसलिए काम में लेता है कि साइटोसीन, जो धीरे-धीरे अपना ऐमीनो समूह खोकर यूरैसिल बन जाता है, क्षति के रूप में पहचाना और मरम्मत किया जा सके — DNA में कोई यूरैसिल सदा एक भूल है।
उदाहरण 11.11 (कोई प्रोब किसी जीन को खोज लेता है)
किसी एक जीन की पूरक बीस न्यूक्लियोटाइडों की कोई प्रोब, अपने ही से नीचे, तीन अरब क्षारक युग्मों में अपना ठीक पूरक बाँधती है और कुछ नहीं: बीस में एक भी बेमेल को कई डिग्री गिरा देता है और बेमेल संकर पिघल जाता है। बीस स्थानों पर गुणित क्षारक-युग्मन की यही विशिष्टता वह चीज़ है जिस पर पितृत्व से लेकर रोगजनक-पहचान तक हर DNA जाँच टिकी है।