Los nucleótidos se unen en un polinucleótido mediante enlaces fosfodiéster: el fosfato del carbono de un nucleótido se enlaza al hidroxilo del siguiente. La cadena tiene por tanto un esqueleto de azúcar y fosfato, uniforme y cargado negativamente (una carga por fosfato), del que las bases sobresalen como una secuencia; y tiene un sentido: un extremo con un fosfato libre y un extremo con un hidroxilo libre. Las secuencias se escriben y se leen de , el sentido en que se sintetizan las cadenas. El ADN (ácido desoxirribonucleico) usa desoxirribosa y las bases A, G, C, T; el ARN (ácido ribonucleico) usa ribosa y A, G, C, U.
Ejemplos
Ejemplo 11.4 (El ARN es frágil, el ADN es duradero)
El hidroxilo de la ribosa puede atacar al enlace fosfodiéster vecino: en un álcali suave el ARN se hidroliza a nucleótidos en cuestión de horas, mientras que el ADN, que carece de ese hidroxilo, resiste la ebullición en álcali y se ha recuperado intacto de huesos de decenas de miles de años. El uracilo del ARN es la timina sin su grupo metilo; el ADN usa timina para que la citosina, que pierde lentamente su grupo amino y se convierte en uracilo, pueda reconocerse como dañada y repararse: un uracilo en el ADN es siempre un error.
Ejemplo 11.11 (Una sonda encuentra un gen)
Una sonda de veinte nucleótidos complementaria de un gen, a por debajo de su propia , se une a su complementaria exacta y a nada más en tres mil millones de pares de bases: un solo desapareamiento entre veinte baja la varios grados y el híbrido desapareado funde. La especificidad del apareamiento de bases, multiplicada por veinte posiciones, es aquello en lo que se apoya toda prueba de ADN, desde la paternidad hasta la detección de patógenos.