हर विषाणु उन्हीं चरणों से गुज़रता है। किसी विशिष्ट परपोषी ग्राही से जुड़ाव — HIV के लिए CD4 और कोई कीमोकाइन ग्राही, SARS कोरोना विषाणुओं के लिए ACE2, इन्फ़्लुएंज़ा के लिए सियालिक अम्ल, किसी फ़ेज के लिए कोई लिपोपॉलिसैकेराइड या कोई पोरिन — जो तय करता है कि विषाणु किन जातियों और किन कोशिकाओं को संक्रमित कर सकता है (उसकी परपोषी-रुचि)। प्रवेश: परिवेष्टन का जीवद्रव्य-कला से संलयन, या अंतर्ग्रहण और उसके बाद अम्लीय अंतःकाय के भीतर से संलयन, या, किसी फ़ेज के लिए, दीवार के पार जीनोम का अंतःक्षेपण। अनावरण, वर्ग-विशिष्ट मार्ग से विषाणुजन्य जीनों की अभिव्यक्ति, और जीनोम की प्रतिकृति, जो प्रायः किसी ऐसी कारख़ाने में होती है जो विषाणु कोशिकाद्रव्य या केंद्रक में बना लेता है। नए जीनोमों के चारों ओर नए कैप्सिडों का संयोजन, जिसे सममित उपइकाइयों का स्वयं-संयोजन चलाता है, और मोचन: कोशिका के लयन से, या किसी झिल्ली से मुकुलन द्वारा, जो परिवेष्टन देता है। कुछ विषाणु इसके बजाय अपना जीनोम परपोषी के जीनोम में डालकर प्रतीक्षा कर सकते हैं: फ़ेज की लयजनकता, जिसका दमनकारी उसे तब तक चुप रखता है जब तक परपोषी क्षतिग्रस्त न हो; हर्पीज़ विषाणुओं की न्यूरॉनों में जीवन भर की प्रसुप्ति और HIV की शांत T कोशिकाओं में किसी प्रोविषाणु के रूप में, जहाँ से उसे प्रतिकृति पर काम करती कोई भी औषध नहीं हटाती।
उदाहरण
उदाहरण 13.6 (समीकरणों से पहले और बाद HIV)
1995 तक HIV संक्रमण की नैदानिक प्रसुप्ति के वर्ष — प्रति मिलीलीटर – प्रतियों का स्थिर विषाणु-भार और T कोशिकाओं की धीमी गिरावट — किसी शांत विषाणु के रूप में पढ़े जाते थे। हो, पेरेल्सन और सहयोगियों ने रोगियों को कोई प्रोटिएज़ निरोधक दिया और विषाणु-भार की गिरावट को प्रमेय से फिट किया: तेज़ प्रावस्था ने दिया (किसी विषाणुकण का अर्ध-आयु काल लगभग छह घंटे), और धीमी प्रावस्था ने (कोई संक्रमित कोशिका लगभग डेढ़ दिन जीती है)। शरीर-द्रव में प्रति मिलीलीटर का कोई स्थिर भार, जो से साफ़ होता हो, इसलिए हर दिन, वर्षों तक, लगभग विषाणुकणों का उत्पादन माँगता है: “प्रसुप्त” काल संक्रमण और मृत्यु की कोई प्रचंड स्थायी अवस्था है, जिसमें T कोशिकाओं का भंडार रोज़ बदला जाता है जब तक वह चुक न जाए। अगले खंड का उत्परिवर्तन-अंकगणित फिर अपने आप निकल आता है, और उसके साथ यह कारण भी कि अकेली औषधें क्यों विफल हुईं और तीन क्यों नहीं।