Todo vírus passa pelas mesmas etapas. A adesão a um receptor específico do hospedeiro — o CD4 e um receptor de quimiocina para o HIV, a ACE2 para os coronavírus da SARS, o ácido siálico para a influenza, um lipopolissacarídeo ou uma porina para um fago —, que decide quais espécies e quais células o vírus pode infectar (seu tropismo). A entrada: a fusão do envelope com a membrana plasmática, ou a endocitose seguida de fusão de dentro do endossomo ácido, ou, para um fago, a injeção do genoma através da parede. O desnudamento, a expressão dos genes virais pela rota específica da classe, e a replicação do genoma, muitas vezes numa fábrica que o vírus constrói no citoplasma ou no núcleo. A montagem de novos capsídeos em torno de novos genomas, impulsionada pela automontagem das subunidades simétricas, e a liberação: por lise da célula, ou por brotamento através de uma membrana, que fornece o envelope. Alguns vírus podem, em vez disso, inserir seu genoma no do hospedeiro e esperar: a lisogenia do fago , cujo repressor o mantém silencioso até que o hospedeiro seja danificado; a latência dos herpesvírus em neurônios por uma vida inteira e a do HIV como provírus em linfócitos T em repouso, de onde nenhum fármaco que aja sobre a replicação o remove.
Exemplos
Exemplo 13.6 (O HIV antes e depois das equações)
Até 1995 os anos de latência clínica da infecção por HIV — uma carga viral estável de a cópias por mililitro e uma queda lenta dos linfócitos T — eram lidos como um vírus quiescente. Ho, Perelson e colaboradores deram a pacientes um inibidor de protease e ajustaram a queda da carga viral ao teorema: a fase rápida deu (meia-vida do vírion de cerca de seis horas) e a fase lenta, (uma célula infectada vive cerca de um dia e meio). Uma carga estável de por mililitro em de líquido corporal, depurada a , portanto exige a produção de cerca de vírions por dia, todo dia, por anos: o período “latente” é um estado estacionário furioso de infecção e morte, com o conjunto de linfócitos T sendo substituído diariamente até falhar. A aritmética de mutação da seção seguinte se segue de imediato, e com ela a razão pela qual fármacos isolados falharam e três não falharam.