PelatihJalur intrinsik (mitokondria) memadukan keadaan dalam sebuah sel. Famili Bcl-2 memiliki tiga golongan: penjaga (Bcl-2, Bcl-xL, Mcl-1) yang duduk pada membran luar mitokondria lalu menjaganya tetap tersegel; efektor (Bax, Bak) yang, begitu diaktifkan, mengoligomerisasi menjadi pori pada membran itu; dan pengindera BH3 saja (Bim, Bid, Puma, Noxa, Bad), yang masing-masing diimbas atau diaktifkan sebuah hinaan tertentu — kerusakan DNA lewat p53 (Puma, Noxa), hilangnya faktor pertumbuhan (Bim, Bad), terlepasnya pelekatan, protein yang salah lipat — yang mengikat penjaganya lalu membebaskan atau mengaktifkan efektornya. Ketika efektornya menang, membran luarnya dipermeabilisasi, sitokrom c merembes ke dalam sitosol, mengikat Apaf-1 lalu membentuk apoptosom, yang mengaktifkan kaspase 9. Jalur ekstrinsik mulai dari luar: reseptor kematian (Fas, reseptor TNF, reseptor TRAIL) yang diikat ligannya pada sebuah limfosit pembunuh atau pada tetangganya, mengelompok, merekrut adaptor, lalu mengaktifkan kaspase 8, yang memotong kaspase 3 secara langsung dan, lewat Bid, juga membuka rute mitokondrianya. Kedua jalurnya memusat pada kaspase algojonya, dan protein penghambat (IAP, FLIP) menetapkan ambangnya di sepanjang jalan.
