La vía intrínseca (mitocondrial) integra el estado interno de la célula. La familia Bcl-2 tiene tres clases: los guardianes (Bcl-2, Bcl-xL, Mcl-1), que se sitúan en la membrana externa mitocondrial y la mantienen sellada; los efectores (Bax, Bak), que, al activarse, oligomerizan en poros de esa membrana; y los sensores solo-BH3 (Bim, Bid, Puma, Noxa, Bad), cada uno inducido o activado por un daño concreto — el daño del ADN a través de p53 (Puma, Noxa), la retirada del factor de crecimiento (Bim, Bad), el desprendimiento, las proteínas mal plegadas —, que se unen a los guardianes y liberan o activan a los efectores. Cuando ganan los efectores, la membrana externa se permeabiliza, el citocromo c se escapa al citosol, se une a Apaf-1 y forma el apoptosoma, que activa a la caspasa 9. La vía extrínseca empieza fuera: los receptores de muerte (Fas, el receptor de TNF, los receptores de TRAIL), unidos por sus ligandos de un linfocito asesino o de una vecina, se agrupan, reclutan adaptadores y activan a la caspasa 8, que corta directamente a la caspasa 3 y, a través de Bid, abre también la ruta mitocondrial. Las dos vías convergen en las caspasas ejecutoras, y unas proteínas inhibidoras (IAP, FLIP) fijan el umbral por el camino.
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