A via intrínseca (mitocondrial) integra o estado interno da célula. A família Bcl-2 tem três classes: as guardiãs (Bcl-2, Bcl-xL, Mcl-1), que se assentam na membrana externa da mitocôndria e a mantêm selada; as efetoras (Bax, Bak), que, quando ativadas, oligomerizam em poros nessa membrana; e as sensoras só-BH3 (Bim, Bid, Puma, Noxa, Bad), cada uma induzida ou ativada por um insulto particular — dano ao DNA pela p53 (Puma, Noxa), retirada de fator de crescimento (Bim, Bad), desprendimento, proteínas mal enoveladas —, que se ligam às guardiãs e liberam ou ativam as efetoras. Quando as efetoras vencem, a membrana externa é permeabilizada, o citocromo c vaza para o citosol, liga-se à Apaf-1 e forma o apoptossomo, que ativa a caspase 9. A via extrínseca começa do lado de fora: os receptores de morte (Fas, receptor de TNF, receptores de TRAIL), ligados por seus ligantes num linfócito matador ou num vizinho, agrupam-se, recrutam adaptadores e ativam a caspase 8, que cliva a caspase 3 diretamente e, por meio da Bid, também abre a rota mitocondrial. As duas vias convergem nas caspases executoras, e proteínas inibidoras (IAPs, FLIP) fixam o limiar ao longo do caminho.
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