आंतरिक (सूत्रकणिकीय) पथ कोशिका की भीतरी अवस्था को समेटता है। Bcl-2 कुल के तीन वर्ग हैं: रक्षक (Bcl-2, Bcl-xL, Mcl-1) जो सूत्रकणिका की बाहरी झिल्ली पर बैठते हैं और उसे बंद रखते हैं; निष्पादक (Bax, Bak) जो सक्रिय होने पर उस झिल्ली में छिद्रों में बहुलकित हो जाते हैं; और BH3-मात्र संवेदक (Bim, Bid, Puma, Noxa, Bad), जिनमें से हर एक किसी एक विशेष आघात से प्रेरित या सक्रिय होता है — p53 के ज़रिए DNA क्षति (Puma, Noxa), वृद्धि-कारक का हटना (Bim, Bad), विलगन, अवलित प्रोटीन — और जो रक्षकों से बँधकर निष्पादकों को मुक्त या सक्रिय कर देते हैं। जब निष्पादक जीत जाते हैं, तो बाहरी झिल्ली पारगम्य हो जाती है, साइटोक्रोम c कोशिकाद्रव्य में रिस जाता है, Apaf-1 से बँधता है और एपॉप्टोसोम बनाता है, जो कैस्पेज़ 9 को सक्रिय करता है। बाह्य पथ बाहर से शुरू होता है: किसी घातक लसीकाणु या किसी पड़ोसी पर उपस्थित अपने लिगंडों से बँधे मृत्यु ग्राही (Fas, TNF ग्राही, TRAIL ग्राही) गुच्छित होते हैं, संयोजक बुलाते हैं और कैस्पेज़ 8 सक्रिय करते हैं, जो कैस्पेज़ 3 को सीधे काटती है और, Bid के ज़रिए, सूत्रकणिकीय मार्ग भी खोल देती है। दोनों पथ निष्पादक कैस्पेज़ों पर आकर मिलते हैं, और रास्ते भर निरोधक प्रोटीन (IAP, FLIP) देहली तय करते हैं।
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