Apa itu Matriks substitusi?

Sebuah matriks substitusi memberi $s(a,b)$ bagi tiap pasangan asam amino sebagai skor log-ods:

dengan $q_{ab}$ frekuensi ditemukannya $a$ dan $b$ terjajar di dalam penjajaran protein berkerabat yang tepercaya, $p_{a} p_{b}$ frekuensi terpasangkannya keduanya secara kebetulan, dan $\lambda$ sebuah skala yang dipilih agar entrinya menjadi bilangan bulat yang praktis. Skor positif berarti pasangannya lebih sering muncul pada homolog daripada secara kebetulan; skor keidentikannya terbesar bagi asam amino yang langka (triptofan $+11$, sisteina $+9$ pada BLOSUM62) dan terkecil bagi yang lazim (leusina $+4$, alanina $+4$), dan substitusi konservatif (isoleusina–valina $+3$) berskor positif sedangkan yang radikal (triptofan–glisina $-2$) berskor negatif. Matriks PAM (Dayhoff, 1978) diturunkan dari protein yang berkerabat dekat lalu diekstrapolasi ke jarak yang lebih jauh dengan perkalian matriks; matriks BLOSUM (Henikoff dan Henikoff, 1992) dicacah langsung di dalam blok urutan terjajar yang dikelompokkan pada keidentikan tertentu — BLOSUM62 dari blok pada $62\,\%$ — dan menjadi bakunya karena matriks itu diukur, bukan diekstrapolasi, pada jarak tempat ia dipakai.