ما معنى مصفوفات التبديل؟

مصفوفة التبديل تعطي $s(a,b)$ لكل زوج من الأحماض الأمينية بوصفها درجة لوغاريتم أرجحية:

حيث $q_{ab}$ تواتر وجود $a$ و$b$ متحاذيين في محاذيات موثوقة لبروتينات قريبة، و$p_{a} p_{b}$ تواتر اقترانهما مصادفةً، و$\lambda$ مقياس يُختار ليجعل المداخل أعدادًا صحيحة ملائمة. والدرجة الموجبة تعني أن الزوج يرد في المتماثلات أكثر مما يرد مصادفةً؛ ودرجات التطابق أكبر ما تكون للأحماض الأمينية النادرة (التربتوفان $+11$، والسيستئين $+9$ في BLOSUM62) وأصغر ما تكون للشائعة (اللوسين $+4$، والألانين $+4$)، والتبديلات المحافظة (إيزولوسين–فالين $+3$) درجتها موجبة أما الجذرية (تربتوفان–غليسين $-2$) فسالبة. ومصفوفات PAM (دايهوف، 1978) اشتُقت من بروتينات وثيقة القرابة ومُدَّت إلى مسافات أبعد بضرب المصفوفات؛ أما مصفوفات BLOSUM (هينيكوف وهينيكوف، 1992) فعُدّت مباشرةً في كتل من متتاليات متحاذية معنقدة عند تطابق معين — فمصفوفة BLOSUM62 من كتل عند $62\,\%$ — وهي الافتراضية لأنها قيست، لا امتُدّت، عند المسافة التي تُستعمل عندها.