Zodra de keten het lumen binnenkomt wordt een vooraf samengesteld oligosacharide van veertien suikers (twee N-acetylglucosamines, negen mannoses, drie glucoses) van een lipidedrager overgezet op asparagines in de sequentie Asn-X-Ser/Thr — de N-glycosylering. De drie glucoses worden daarna een voor een weggeknipt, en dat knippen is een vouwklok: een eiwit dat nog één glucose draagt wordt vastgehouden door de chaperonne calnexine; een eiwit waarvan de laatste glucose is verwijderd maar dat nog niet is gevouwen wordt opnieuw geglucosyleerd door een enzym dat blootliggende hydrofobe plekken herkent, en keert terug naar calnexine — de calnexinecyclus. Eiwitten die herhaaldelijk falen worden terug het cytosol in getrokken, geubiquitineerd en door het proteasoom vernietigd: de ER-geassocieerde afbraak (ERAD). Wanneer ongevouwen eiwitten zich sneller ophopen dan zij kunnen worden gevouwen of vernietigd, starten sensoren in het reticulummembraan de respons op ongevouwen eiwitten: de translatie wordt vertraagd, chaperonnegenen worden aangezet, het reticulum wordt uitgebreid, en als de stress aanhoudt wordt de cel gedood. De meest voorkomende mutatie bij taaislijmziekte (F508 in CFTR) maakt een kanaal dat zou werken maar zich te traag vouwt, door ERAD wordt opgepakt en het oppervlak nooit bereikt; geneesmiddelen die het helpen vouwen zijn nu een behandeling.