Uma enzima de restrição do tipo II é uma endonuclease bacteriana que corta o DNA de fita dupla numa sequência específica de pares de bases, em geral um palíndromo: a EcoRI corta GAATTC, deixando saliências de fita simples de quatro bases (extremidades coesivas) complementares a qualquer outra extremidade EcoRI; outras enzimas deixam extremidades cegas. A DNA-ligase sela dois fragmentos cujas extremidades se encaixam. Um vetor é uma molécula de DNA que se replica num hospedeiro e pode carregar um fragmento inserido: um plasmídeo de algumas quilobases com uma origem de replicação, um marcador de seleção (um gene de resistência a antibiótico, de modo que só as células que receberam o plasmídeo crescem no antibiótico) e um agrupamento de sítios de restrição únicos para o inserto; o bacteriófago , cosmídeos e cromossomos artificiais de bactéria ou de levedura para insertos de . O DNA entra numa bactéria por transformação, depois de um choque químico ou elétrico que torna a membrana transitoriamente permeável, com eficiência de a transformantes por micrograma de plasmídeo. Uma molécula recombinante é a que une DNA de duas fontes.
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