Una enzima de restricción de tipo II es una endonucleasa bacteriana que corta el ADN de doble hebra en una secuencia concreta de pares de bases, casi siempre un palíndromo: EcoRI corta GAATTC y deja salientes de hebra sencilla de cuatro bases (extremos cohesivos) complementarios de cualquier otro extremo EcoRI; otras enzimas dejan extremos romos. La ADN-ligasa sella dos fragmentos cuyos extremos encajan. Un vector es una molécula de ADN que se replica en un hospedador y puede llevar un fragmento insertado: un plásmido de unas pocas kilobases con un origen de replicación, un marcador de selección (un gen de resistencia a un antibiótico, de modo que solo crecen en el antibiótico las células que tomaron el plásmido) y un grupo de sitios de restricción únicos para el inserto; el bacteriófago , los cósmidos y los cromosomas artificiales bacterianos o de levadura para insertos de . El ADN entra en una bacteria por transformación, tras un choque químico o eléctrico que hace la membrana transitoriamente permeable, con una eficiencia de a transformantes por microgramo de plásmido. Una molécula recombinante es la que une ADN de dos procedencias.
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