Un nucleótido consta de tres partes: una base nitrogenada — una purina (adenina A, guanina G: dos anillos condensados) o una pirimidina (citosina C, timina T, uracilo U: un anillo) —; un azúcar de cinco carbonos, la ribosa en el ARN o la 2′-desoxirribosa en el ADN (que carece del hidroxilo del carbono 2′); y de uno a tres grupos fosfato sobre el carbono 5′ del azúcar. La base se une al carbono 1′; los carbonos del azúcar se numeran con prima para distinguirlos de los de la base. La base más el azúcar forman un nucleósido (adenosina, guanosina, citidina, timidina, uridina); con los fosfatos es un nucleótido (AMP, ADP, ATP y sus parientes).
Ejemplos
Ejemplo 11.4 (El ARN es frágil, el ADN es duradero)
El hidroxilo 2′ de la ribosa puede atacar al enlace fosfodiéster vecino: en un álcali suave el ARN se hidroliza a nucleótidos en cuestión de horas, mientras que el ADN, que carece de ese hidroxilo, resiste la ebullición en álcali y se ha recuperado intacto de huesos de decenas de miles de años. El uracilo del ARN es la timina sin su grupo metilo; el ADN usa timina para que la citosina, que pierde lentamente su grupo amino y se convierte en uracilo, pueda reconocerse como dañada y repararse: un uracilo en el ADN es siempre un error.
Ejemplo 11.7 (Leer una hebra)
Si una hebra dice 5′-ATGGCATTC-3′, su compañera, escrita de 5′→3′, es 5′-GAATGCCAT-3′: complétese cada base y después inviértase el orden. Nueve pares, 3.1nm de hélice y veintidós enlaces de hidrógeno (cinco G–C y cuatro A–T). Un cromosoma humano de 2.5×108 pares mide 8.5cm de largo en esta forma y debe plegarse cien mil veces para caber en un núcleo (Capítulo 17).
Ejemplo 11.11 (Una sonda encuentra un gen)
Una sonda de veinte nucleótidos complementaria de un gen, a 5∘C por debajo de su propia Tm, se une a su complementaria exacta y a nada más en tres mil millones de pares de bases: un solo desapareamiento entre veinte baja la Tm varios grados y el híbrido desapareado funde. La especificidad del apareamiento de bases, multiplicada por veinte posiciones, es aquello en lo que se apoya toda prueba de ADN, desde la paternidad hasta la detección de patógenos.