CoachUna filogenia es un árbol cuyas puntas son las especies (o los genes, o los individuos) comparados, cuyos nodos internos son sus antepasados comunes y cuya raíz es el antepasado más antiguo de todos. Solo su orden de ramificación contiene la historia: los nodos pueden girarse libremente, y solo importa el anidamiento. Un clado o grupo monofilético es un antepasado con todos sus descendientes (las aves; los mamíferos; las aves y los cocodrilos juntos); un grupo parafilético es un antepasado al que se le han quitado algunos descendientes (los “reptiles” sin las aves, los “peces” sin los tetrápodos, los “procariotas”); un grupo polifilético reúne descendientes de antepasados distintos por un parecido que adquirieron por separado (los “animales de sangre caliente”). Un carácter compartido por dos especies porque su antepasado lo tenía es una homología (los huesos del ala del murciélago y de la aleta de la ballena); uno que adquirieron de forma independiente es una analogía u homoplasia (las alas de los murciélagos y de las aves en cuanto alas, los ojos en cámara de los vertebrados y de los pulpos). Solo las homologías registran la historia, y entre ellas solo los estados derivados compartidos por un grupo — sus sinapomorfías, el término de Hennig — definen un clado: las plumas definen a las aves; el estado ancestral “sin plumas” no define nada.
