Una señal de clasificación es un segmento de una proteína, o una modificación suya, que lee un receptor que entrega la proteína a un compartimento. El péptido señal, un tramo de residuos del extremo amino con un núcleo hidrófobo, envía una proteína al retículo endoplasmático mientras se está fabricando; desde allí la ruta por defecto lleva a través del Golgi hasta la membrana plasmática o el exterior, y otras señales la desvían al lisosoma (un azúcar fosforilado) o de vuelta al retículo (la secuencia carboxiterminal KDEL). Una señal de localización nuclear, un parche básico corto como PKKKRKV, la unen importinas que llevan la proteína plegada a través del poro nuclear; una presecuencia mitocondrial, una hélice anfipática de residuos, la reconocen receptores de la membrana externa y se enhebra, desplegada, por las translocasas de ambas membranas; las enzimas peroxisómicas acaban en SKL. Las proteínas sin ninguna de estas señales se quedan en el citosol. Toda señal se encontró del mismo modo: suprimirla deja la proteína en el citosol, e injertarla en una proteína citosólica envía a esa proteína al compartimento.
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