Pour une communauté de espèces d’abondances relatives () : la richesse est ; l’indice de Shannon mesure l’incertitude sur l’espèce d’un individu tiré au hasard, et est le nombre d’espèces également abondantes qui donnerait la même incertitude (le nombre effectif d’espèces) ; l’indice de Simpson est la probabilité que deux individus tirés au hasard soient de la même espèce, et est un autre nombre effectif, pondéré vers les espèces communes. La richesse dépend du nombre d’individus examinés : une courbe de raréfaction porte les espèces trouvées en fonction du nombre d’individus échantillonnés, et s’aplatit quand la plupart des espèces ont été vues.
Exemples
Exemple 14.6 (Deux intestins)
Un échantillon de lectures chez une personne donne espèces, avec et singletons ; un échantillon de lectures chez une autre en donne . Le second n’est pas nécessairement plus divers : il a été échantillonné cinq fois plus profondément, et le raréfier à lectures peut donner aussi. La couverture du premier échantillon vaut : quatre pour cent des bactéries de cet intestin appartiennent à des espèces que l’échantillon n’a jamais vues, et un échantillon plus profond les trouvera. Les nombres effectifs, espèces d’équitabilité contre une richesse de , disent que quelques espèces dominent — ce à quoi ressemble tout intestin.