Le code génétique fait correspondre des triplets de bases du messager, les codons, à des acides aminés. Sur les 64 codons, 61 spécifient les vingt acides aminés et trois (UAA, UAG, UGA) sont des signaux stop ; AUG spécifie la méthionine et sert aussi de codon d’initiation, de sorte que tout polypeptide neuf commence par une méthionine. Le code est dégénéré — la plupart des acides aminés ont plusieurs codons, qui diffèrent surtout par la troisième position — non chevauchant, lu sans ponctuation dans un cadre de lecture fixé par le codon d’initiation, et presque universel, le même chez les bactéries, les plantes et les animaux, à quelques variantes près dans les mitochondries : un gène humain introduit dans une bactérie y est lu correctement.
| première | deuxième base | troisième | |||
| base | U | C | A | G | base |
| U | Phe Phe Leu Leu | Ser Ser Ser Ser | Tyr Tyr stop stop | Cys Cys stop Trp | U C A G |
| C | Leu Leu Leu Leu | Pro Pro Pro Pro | His His Gln Gln | Arg Arg Arg Arg | U C A G |
| A | Ile Ile Ile Met | Thr Thr Thr Thr | Asn Asn Lys Lys | Ser Ser Arg Arg | U C A G |
| G | Val Val Val Val | Ala Ala Ala Ala | Asp Asp Glu Glu | Gly Gly Gly Gly | U C A G |