Yang disebut fraksinasi sel memisahkan komponen sebuah sel untuk ditelaah. Jaringannya dihomogenkan — selnya dipecah dalam larutan penyangga dingin yang isotonik lewat penggerusan atau penggeseran, sehingga organelnya tetap utuh — dan homogenat itu dikenai sentrifugasi bertingkat: sederet pemusingan dengan gaya dan lama yang meningkat, yang masing-masing mengendapkan partikel terbesar dan terpadat yang masih tersisa dalam suspensi. Tiap fraksi dikenali dari penampakannya di bawah mikroskop elektron dan dari enzim penanda, yaitu aktivitas yang diketahui hanya berada dalam satu ruang.