El fraccionamiento celular separa los componentes de una célula para estudiarlos. El tejido se homogeneiza — se rompen las células en un tampón frío e isotónico por molienda o cizalladura, dejando intactos los orgánulos — y el homogeneizado se somete a una centrifugación diferencial: una serie de giros de fuerza y duración crecientes, cada uno de los cuales sedimenta las partículas mayores y más densas que quedan en suspensión. Cada fracción se identifica por su aspecto al microscopio electrónico y por enzimas marcadoras, actividades que se sabe que residen en un solo compartimento.