Celfractionering scheidt de onderdelen van een cel voor nader onderzoek. Het weefsel wordt gehomogeniseerd — de cellen worden in een koude, isotone buffer opengebroken door malen of afschuiven, waarbij de organellen heel blijven — en het homogenaat wordt onderworpen aan differentiële centrifugatie: een reeks slingerbeurten met toenemende kracht en duur, die telkens de grootste en dichtste deeltjes die nog in suspensie zijn tot een pellet slaat. Elke fractie wordt herkend aan haar aanblik onder de elektronenmicroscoop en aan merkerenzymen, activiteiten waarvan bekend is dat zij in slechts één compartiment thuishoren.