Nyaris tiap sel mengusung sebuah jam sirkadia: sebuah gelung transkripsi–terjemahan yang di dalamnya protein CLOCK dan BMAL1 menyalakan gen Per dan Cry, yang proteinnya menimbun, memasuki intinya sesudah sebuah penundaan berjam-jam, lalu menekan transkripsinya sendiri, lalu dirombak, yang melepaskan penekanannya — satu daur dalam sekitar dua puluh empat jam, yang ditetapkan laju penundaan dan perombakannya. Jam tubuhnya diselaraskan sebuah jam induk berisi dua puluh ribu neuron di dalam inti suprakiasma hipotalamusnya, yang sendirinya disetel cahaya lewat sebuah kelas khusus sel ganglion retina (yang memuat melanopsin, bukan pigmen sel batang atau sel kerucutnya), dan yang mengisyaratkan malam kepada tubuhnya lewat melatonin kelenjar pinealnya, yang disekresikan hanya dalam gelap. Jamnya menjadwalkan kortisol sebelum bangun, suhu tubuh terendah pada pukul 4 pagi, hormon pertumbuhan pada tidur pertama, kepekaan insulin lebih tinggi pada pagi hari; makanan, olahraga, dan suhu adalah zeitgeber sekunder yang dapat menarik jam tepinya menjauh dari jam pusatnya, yakni rasa tak enak pekerja giliran dan pelancong yang lelah terbang — sebuah jam hati pada satu waktu dan sebuah jam otak pada waktu lain.
Biologi · Glosarium