लगभग हर कोशिका कोई दैनिक घड़ी ढोती है: कोई अनुलेखन–अनुवादन पाश, जिसमें प्रोटीन CLOCK और BMAL1 जीन Per तथा Cry चालू कर देते हैं, जिनके प्रोटीन जमा होते हैं, घंटों के किसी विलंब के बाद केंद्रक में घुसते हैं और अपना ही अनुलेखन दबा देते हैं, फिर अपघटित हो जाते हैं, जिससे वह दमन हट जाता है — यानी लगभग चौबीस घंटों में एक चक्र, जो उस विलंब और उस अपघटन की दरों से तय होता है। शरीर की घड़ियाँ अधश्चेतक की अधिदृक्-संधि गुठली के बीस हज़ार न्यूरॉनों की किसी स्वामी घड़ी से समकालिक होती हैं, जो स्वयं दृष्टिपटल की गंडिका कोशिकाओं के किसी समर्पित वर्ग के ज़रिए (जिसमें मेलेनॉप्सिन है, शलाकाओं या शंकुओं के वर्णक नहीं) प्रकाश से सेट होती है, और जो पीनियल के मेलाटोनिन के ज़रिए शरीर को रात का संकेत देती है, जो केवल अँधेरे में स्रवित होता है। वह घड़ी जागने से पहले कॉर्टिसोल तय करती है, देह-तापमान सुबह 4 बजे सबसे नीचा, पहली नींद में वृद्धि हॉर्मोन, और सुबह इंसुलिन-संवेदनशीलता ऊँची; और भोजन, व्यायाम तथा तापमान गौण कालदाता हैं, जो परिधीय घड़ियों को केंद्रीय से दूर खींच सकते हैं, और वही पाली-कर्मी की तथा कालक्षेत्र-श्रांति की बेचैनी है — यानी एक समय पर चलती यकृत की घड़ी और दूसरे पर मस्तिष्क की।
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