O que é dN/dS?

Num gene codificador de proteína, uma substituição é sinônima se deixa o aminoácido inalterado e não sinônima se o muda. Como o código genético deixa a maioria das terceiras posições e algumas primeiras posições mudarem em silêncio, cerca de um quarto das mutações possíveis num gene típico é sinônimo. Seja $d_{S}$ o número de substituições sinônimas por sítio sinônimo e $d_{N}$ o de substituições não sinônimas por sítio não sinônimo, cada um corrigido para múltiplos acertos. As mudanças sinônimas são quase neutras, de modo que $d_{S}$ estima $2\mu T$ — o relógio; e a razão

mede o que a seleção fez com a proteína: $\omega = 1$ se as mudanças de aminoácido são tão livres quanto as silenciosas (sem restrição, como num pseudogene); $\omega < 1$ sob seleção purificadora, com a maioria das mudanças removida — o gene típico tem $\omega \approx 0.1$ a $0.2$, e as histonas, $0.001$; $\omega > 1$ sob seleção positiva, com as mudanças de aminoácido favorecidas mais depressa do que a deriva sozinha permitiria — a fenda de ligação ao antígeno das moléculas de MHC, as proteínas de superfície dos vírus numa corrida armamentista com os anticorpos, as proteínas do espermatozoide e do óvulo na fecundação, e a lisozima dos ruminantes, recrutada para digerir bactérias no estômago. Calculado ao longo de um ramo de uma árvore ou sítio a sítio, $\omega$ mapeia onde e quando uma proteína foi mudada pela seleção, e não pelo acaso.