¿Qué es dN/dS?

En un gen codificante de proteína, una sustitución es sinónima si deja el aminoácido sin cambiar y no sinónima si lo cambia. Como el código genético deja cambiar en silencio la mayoría de las terceras posiciones y algunas de las primeras, alrededor de una cuarta parte de las mutaciones posibles de un gen típico son sinónimas. Sea $d_{S}$ el número de sustituciones sinónimas por sitio sinónimo y $d_{N}$ el de sustituciones no sinónimas por sitio no sinónimo, corregidos ambos por impactos múltiples. Los cambios sinónimos son casi neutros, de modo que $d_{S}$ estima $2\mu T$ —el reloj—; y la razón

mide lo que la selección le ha hecho a la proteína: $\omega = 1$ si los cambios de aminoácido son tan libres como los silenciosos (sin restricción, como en un seudogén); $\omega < 1$ bajo selección purificadora, con la mayoría de los cambios eliminados —el gen típico tiene $\omega \approx 0.1$ a $0.2$, y las histonas $0.001$—; $\omega > 1$ bajo selección positiva, con los cambios de aminoácido favorecidos más deprisa de lo que permite la deriva sola —el surco de unión al antígeno de las moléculas del MHC, las proteínas de superficie de los virus en carrera de armamentos con los anticuerpos, las proteínas del espermatozoide y del óvulo en la fecundación, y la lisozima de los rumiantes, reclutada para digerir bacterias en el estómago. Calculado a lo largo de una rama de un árbol o sitio a sitio, $\omega$ cartografía dónde y cuándo cambió la selección una proteína en lugar del azar.