المدربالمحاذاة المتعددة للمتتاليات ترتب أسرة من المتتاليات في أعمدة من البقايا المتماثلة. والبرمجة الديناميكية التامة على متتالية تكلّف وتستحيل بعد الثلاث؛ فالبرامج العملية تحاذي تدريجيًا، فتبدأ بأقرب زوج بحسب شجرة دليلية، ثم تضم المتتاليات والمجموعات إلى المحاذاة النامية، مع جولات تنقيح. وتُلخَّص المحاذاة المنجزة في ملمح: أي تواتر كل بقية وتواتر الفجوات في كل عمود. أما نموذج ماركوف المخفي الملمحي فيصوغ ذلك سلسلةً من حالات مطابقة، حالة لكل عمود محفوظ، تصدر كل منها بقايا باحتمالاتها الخاصة، مع حالات إقحام وحذف تسمح ببقايا زائدة أو ناقصة عند كل موضع؛ ونموذج الأسرة (وهو مدخل في Pfam) يدرّج متتالية جديدة باحتمال أفضل مسلك خلال الحالات، ويجد متماثلات تحت منطقة شفق المقارنة الثنائية بكثير، لأن العمود الذي لا يتحمل إلا بقايا كارهة للماء يقول ذلك، والمتتالية المفردة لا تستطيع.
أمثلة
مثال 5.7 (التطابق والتشابه ومنطقة الشفق)
متتاليتا بروتين عشوائيتان تُحاذيان محاذاة مثلى بالفجوات تبلغان نحو تطابقًا مصادفةً. وفوق تطابقًا على مئة بقية يكون البروتينان متماثلين على وجه اليقين تقريبًا؛ وما بين و هو منطقة الشفق، حيث لا يستطيع التطابق وحده أن يحسم وتحسم الإحصاءات أدناه. وقد تقع المتماثلات دون المنطقة بكثير: فوحيدات الهيموغلوبين والميوغلوبين تشترك في تطابقًا، والليزوزيم و-اللاكتالبومين في ، وكثير من أزواج البروتينات ذات الطية نفسها تشترك في أقل من ، ولا يُكشف إلا بمقارنة الملامح أو البنى.
مثال 5.10 (قراءة قيمة متوقعة)
استعلام من بقية في مواجهة قاعدة بيانات من بقية له . وإصابة درجة بتّاتها لها : أي إنها متماثل بيقين شبه تام. وإصابة درجتها لها : أي تُتوقع إحدى عشرة درجة كهذه مصادفةً، ولا تعني الإصابة شيئًا. والمحاذاة نفسها، بدرجة البتّات نفسها، إذا بُحثت في قاعدة بيانات أكبر عشر مرات، صارت فيها أكبر عشر مرات — فالدلالة صفة للبحث لا للزوج. والعتبة الشائعة الاستعمال هي للمتماثل الموثوق؛ و– تستحق نظرة ثانية بطريقة الملامح.