बहु-संरेखण और प्रोफ़ाइल क्या है?

उदाहरण 5.7 (समरूपता, सादृश्य और गोधूलि क्षेत्र)

रिक्तियों के साथ सर्वोत्तम रूप से संरेखित दो यादृच्छिक प्रोटीन अनुक्रम संयोग से लगभग $15\text{ से }20\,\%$ समरूपता तक पहुँच जाते हैं। सौ अवशेषों पर $35\,\%$ समरूपता से ऊपर दो प्रोटीन लगभग निश्चित रूप से समजात हैं; $20\,\%$ और $35\,\%$ के बीच गोधूलि क्षेत्र है, जहाँ अकेली समरूपता निर्णय नहीं कर सकती और नीचे की सांख्यिकी को करना पड़ता है। समजात इस क्षेत्र से बहुत नीचे भी गिर सकते हैं: हीमोग्लोबिन और मायोग्लोबिन उपइकाइयाँ $25\,\%$ समरूपता साझा करती हैं, लाइसोज़ाइम और $\alpha$-लैक्टएल्ब्युमिन $40\,\%$, और एक ही वलन वाले अनेक प्रोटीन युग्म $15\,\%$ से भी कम, जो केवल प्रोफ़ाइलों या संरचनाओं की तुलना से पकड़ में आते हैं।

उदाहरण 5.10 (कोई E-मान पढ़ना)

$5\times 10^{10}$ अवशेषों के किसी आँकड़ाकोश के सामने $250$ अवशेषों की किसी पृच्छा का $mn = 1.25\times 10^{13} \approx 2^{43.5}$ है। जिस मेल का बिट अंक $60$ है उसका $E = 2^{43.5 - 60} = 2^{-16.5} \approx 10^{-5}$ है: वह मूलतः निश्चित रूप से कोई समजात है। जिस मेल का $S' = 40$ है उसका $E = 2^{3.5} \approx 11$ है: संयोग से ऐसे ग्यारह अंक प्रत्याशित हैं, और उस मेल का कोई अर्थ नहीं। वही संरेखण, उसी बिट अंक के साथ, दस गुना बड़े आँकड़ाकोश में खोजा जाए तो उसका $E$ दस गुना बड़ा होता है — सार्थकता खोज का गुण है, उस युग्म का नहीं। किसी विश्वसनीय समजात के लिए प्रचलित देहली $E < 10^{-3}$ है; $E \approx 0.01$–$1$ किसी प्रोफ़ाइल-विधि से दुबारा देखने योग्य है।