تحوي أمعاء الإنسان نحو بكتيريا، جلّها في القولون عند لكل غرام من المحتويات، في مقابل لكل غرام في المعدة الحمضية و– على امتداد المعي الدقيق، حيث الجريان سريع والصفراء معادية. وفيها من خمسمئة إلى ألف نوع في الشخص الواحد، معظمها من شعبتين، الباكتيرويديتات والفيرميكوتات، وكلها تقريبًا لاهوائية؛ ومجموعة كل شخص متميزة وثابتة سنين، تتثبت في معظمها في السنوات الثلاث الأولى من العمر من الأم ومن أهل البيت. وما تفعله: تخمّر الألياف التي تعجز إنزيمات الإنسان عن هضمها فتحيلها أحماضًا دهنية قصيرة السلسلة — الخلات، والبروبيونات، والبوتيرات — تغذي خلايا القولون نفسها وتوفر حتى عُشر سعرات المضيف؛ وتصنع فيتامين K وبعض فيتامينات B؛ وتحوّل الأحماض الصفراوية والأدوية؛ وتشغل كل كوّة حتى لا يجد غازٍ موطئ قدم (مقاومة الاستعمار)؛ وتدرّب الجهاز المناعي، إذ تنمو خلاياه التائية النظيمية وخلاياه المفرزة للغلوبولين IgA استجابةً لها (الفصل 16). والجماعة التي تزيح عن هذه الحالة — أنواع أقل، ومخمّرات أقل، وهوائيات اختيارية أكثر — هي خلل توازن جرثومي، يُرى في داء الأمعاء الالتهابي، وبعد الصادات، وفي البدانة، وإن كان أيهما السبب وأيهما النتيجة غير واضح عادةً.