El intestino humano alberga unos bacterias, casi todas en el colon a por gramo de contenido, frente a por gramo en el estómago ácido y de a a lo largo del intestino delgado, cuyo flujo es rápido y cuya bilis es hostil. Hay de quinientas a mil especies por persona, en su mayoría de dos filos, los Bacteroidetes y los Firmicutes, y casi todas anaerobias; el conjunto de cada persona es distinto y estable durante años, fijado en gran medida en los tres primeros años de vida a partir de la madre y del hogar. Lo que hacen: fermentan la fibra que las enzimas humanas no pueden digerir en ácidos grasos de cadena corta — acetato, propionato, butirato —, que alimentan a las propias células del colon y aportan hasta la décima parte de las calorías del hospedador; fabrican vitamina K y algunas vitaminas del grupo B; transforman ácidos biliares y fármacos; ocupan todos los nichos, de modo que un invasor no encuentra asidero (la resistencia a la colonización); y entrenan al sistema inmunitario, cuyos linfocitos T reguladores y células secretoras de IgA se desarrollan en respuesta a ellas (Capítulo 16). Una comunidad desplazada de ese estado — menos especies, menos fermentadoras, más aerobias facultativas — es una disbiosis, que se ve en la enfermedad inflamatoria intestinal, después de los antibióticos y en la obesidad, aunque cuál es la causa y cuál el efecto suele estar poco claro.