मानव आँत में लगभग जीवाणु हैं, लगभग सारे बृहदांत्र में, जहाँ अंतर्वस्तु के प्रति ग्राम हैं, जबकि अम्लीय आमाशय में प्रति ग्राम और क्षुद्रांत्र भर में –, जिसका प्रवाह तेज़ है और जिसका पित्त शत्रुवत्। प्रति व्यक्ति कोई पाँच सौ से एक हज़ार जातियाँ, अधिकांश दो संघों — Bacteroidetes और Firmicutes — से, और लगभग सारी अवायवीय; हर व्यक्ति का समुच्चय अलग है और वर्षों तक स्थिर, जो जीवन के पहले तीन वर्षों में बड़े हिस्से में माँ और घर से तय हो जाता है। वे करते क्या हैं: उस रेशे का किण्वन, जिसे मानव एंज़ाइम पचा नहीं सकते, लघु-शृंखला वसा अम्लों में — ऐसीटेट, प्रोपियोनेट, ब्यूटिरेट — जो बृहदांत्र की अपनी कोशिकाओं को खिलाते हैं और परपोषी की दसवें भाग तक कैलोरी जुटाते हैं; विटामिन K और कुछ B विटामिन बनाना; पित्त अम्लों और औषधों का रूपांतरण; हर परिवेश-कोटर भर देना ताकि किसी हमलावर को पैर टिकाने की जगह न मिले (उपनिवेशन-प्रतिरोध); और प्रतिरक्षा-तंत्र को प्रशिक्षित करना, जिसकी नियामक T कोशिकाएँ और IgA-स्रावी कोशिकाएँ उन्हीं की अनुक्रिया में विकसित होती हैं (अध्याय 16)। इस अवस्था से हट गया कोई समुदाय — कम जातियाँ, कम किण्वक, अधिक विकल्पी वायुजीवी — कोई डिस्बायोसिस है, जो शोथकारी आंत्र रोग में, प्रतिजैविकों के बाद, और मोटापे में दिखता है, हालाँकि कौन कारण है और कौन परिणाम, यह प्रायः स्पष्ट नहीं।