Usus manusia memuat sekitar bakteri, hampir semuanya di dalam kolon pada per gram isi, terhadap per gram di dalam lambung yang asam dan – sepanjang usus halus, yang aliranya cepat dan empedunya bermusuhan. Sekitar lima ratus sampai seribu spesies tiap orang, kebanyakan dari dua filum, yakni Bacteroidetes dan Firmicutes, hampir semuanya anaerob; himpunan tiap orang berbeda dan mantap bertahun-tahun, yang sebagian besar dipancangkan pada tiga tahun pertama kehidupan dari ibunya dan rumah tangganya. Apa yang mereka lakukan: meragikan serat yang tidak dapat dicerna enzim manusia menjadi asam lemak rantai pendek — asetat, propionat, butirat — yang memberi makan sel kolon sendiri lalu memasok sampai sepersepuluh kalori inangnya; membuat vitamin K dan beberapa vitamin B; mengubah asam empedu dan obat; menempati tiap ceruk sehingga seorang penyerbu tidak menemukan pijakan (ketahanan penjajahan); serta melatih sistem imun, yang sel T pengaturnya dan sel penyekresi IgA-nya berkembang sebagai tanggapan terhadapnya (Bab 16). Sebuah masyarakat yang bergeser dari keadaan ini — lebih sedikit spesies, lebih sedikit peragi, lebih banyak aerob fakultatif — adalah sebuah disbiosis, yang terlihat pada penyakit radang usus, sesudah antibiotik, dan pada kegemukan, meskipun mana yang sebab dan mana yang akibat biasanya tidak jelas.