Qu'est-ce que « La communauté intestinale » ?

L’intestin humain abrite environ $4\times 10^{13}$ bactéries, presque toutes dans le côlon à $10^{11}$ par gramme de contenu, contre $10^{3}$ par gramme dans l’estomac acide et $10^{4}$–$10^{7}$ le long de l’intestin grêle, dont le flux est rapide et la bile hostile. Cinq cents à mille espèces par personne, la plupart de deux embranchements, les Bacteroidetes et les Firmicutes, presque toutes anaérobies ; le jeu de chaque personne est particulier et stable pendant des années, fixé pour l’essentiel durant les trois premières années de vie, à partir de la mère et du foyer. Ce qu’elles font : fermenter en acides gras à chaîne courte — acétate, propionate, butyrate — les fibres que les enzymes humaines ne savent pas digérer, ce qui nourrit les cellules mêmes du côlon et fournit jusqu’au dixième des calories de l’hôte ; fabriquer la vitamine K et quelques vitamines B ; transformer les acides biliaires et les médicaments ; occuper chaque niche de sorte qu’un envahisseur ne trouve aucune prise (la résistance à la colonisation) ; et éduquer le système immunitaire, dont les lymphocytes T régulateurs et les cellules sécrétrices d’IgA se développent en réponse à elles (Chapitre 16). Une communauté écartée de cet état — moins d’espèces, moins de fermenteurs, plus d’aérobies facultatifs — est une dysbiose, observée dans les maladies inflammatoires de l’intestin, après des antibiotiques et dans l’obésité, même si l’on ne sait en général pas qui est la cause et qui l’effet.