CoachO intestino humano abriga cerca de bactérias, quase todas no cólon, a por grama de conteúdo, contra por grama no estômago ácido e – ao longo do intestino delgado, cujo fluxo é rápido e cuja bile é hostil. Umas quinhentas a mil espécies por pessoa, a maioria de dois filos, os Bacteroidetes e os Firmicutes, quase todas anaeróbias; o conjunto de cada pessoa é distinto e estável por anos, fixado em grande parte nos três primeiros anos de vida a partir da mãe e da casa. O que elas fazem: fermentam a fibra que as enzimas humanas não digerem em ácidos graxos de cadeia curta — acetato, propionato, butirato —, que alimentam as próprias células do cólon e fornecem até um décimo das calorias do hospedeiro; produzem vitamina K e algumas vitaminas do complexo B; transformam ácidos biliares e fármacos; ocupam cada nicho, de modo que um invasor não encontra apoio (a resistência à colonização); e treinam o sistema imune, cujos linfócitos T reguladores e células secretoras de IgA se desenvolvem em resposta a elas (Capítulo 16). Uma comunidade afastada desse estado — menos espécies, menos fermentadoras, mais aeróbias facultativas — é uma disbiose, vista na doença inflamatória intestinal, depois de antibióticos e na obesidade, embora em geral não esteja claro o que é causa e o que é efeito.
