Les cellules souches embryonnaires (Evans, Kaufman, Martin, 1981, chez la souris ; Thomson, 1998, chez l’humain) sont des cellules de la masse cellulaire interne qu’on tient en division dans une culture sans qu’elles se différencient, grâce à des signaux (LIF, ou FGF et activine) qui entretiennent un noyau de facteurs de transcription — Oct4, Sox2, Nanog — qui s’activent mutuellement et répriment les gènes de toutes les lignées. Injectées dans un blastocyste elles rejoignent l’embryon et contribuent à tous ses tissus, y compris la lignée germinale, et c’est ainsi qu’on fait une souris invalidée : modifier un gène dans les cellules, faire une souris à partir d’elles. Le transfert nucléaire du volume de deuxième année a montré qu’un noyau différencié peut être remis à zéro par le cytoplasme d’un ovule ; Takahashi et Yamanaka (2006) ont trouvé ce qui opère cette remise à zéro. Sur vingt-quatre gènes candidats, quatre — Oct4, Sox2, Klf4, c-Myc — introduits ensemble par des virus dans des fibroblastes de peau, convertissaient en trois semaines environ une cellule sur mille en cellule souche pluripotente induite indiscernable d’une cellule embryonnaire, capable de former tous les tissus et une souris entière. La reprogrammation est lente et peu efficace parce que les facteurs doivent ouvrir une chromatine refermée par des années de différenciation, et que les cellules traversent une phase stochastique où la plupart calent ; c’est aussi, en principe, une route des cellules d’un patient vers n’importe quel tissu. Ajoutez les bons signaux dans le bon ordre et des cellules pluripotentes dans une boîte récapitulent le développement : un muscle cardiaque qui bat, des neurones dopaminergiques à greffer dans un cerveau parkinsonien, des cellules rétiniennes, et des organoïdes — tissus tridimensionnels auto-organisés de quelques millimètres, intestinaux, rénaux, hépatiques et cérébraux, avec l’architecture et les types cellulaires de l’organe, où l’on peut observer le développement et les maladies de l’humain et éprouver des médicaments.