Un caractère est un trait qui varie parmi les espèces comparées (la présence d’une colonne vertébrale, de quatre membres, d’un œuf amniotique, de poils). Chaque caractère possède un état ancestral — celui que possédait l’ancêtre commun du groupe — et un ou plusieurs états dérivés apparus plus tard dans certaines lignées. Seuls les états dérivés partagés indiquent une parenté : deux espèces qui partagent un état dérivé l’ont hérité de l’ancêtre chez lequel il est apparu. Un état ancestral partagé ne dit rien, puisque l’ancêtre de tous le possédait.
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