Um caráter é uma característica que varia entre as espécies comparadas (a presença de uma coluna vertebral, de quatro membros, de um ovo amniótico, de pelos). Cada caráter tem um estado ancestral — o que o ancestral comum do grupo tinha — e um ou mais estados derivados que apareceram depois em alguma linhagem. Só os estados derivados compartilhados indicam parentesco: duas espécies que compartilham um estado derivado o herdaram do ancestral em que ele surgiu. Um estado ancestral compartilhado não diz nada, já que o ancestral de todo mundo o tinha.
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