什么是 dN/dS？

किसी प्रोटीन-कूटलेखी जीन में कोई प्रतिस्थापन पर्यायी है यदि वह उस ऐमीनो अम्ल को अपरिवर्तित छोड़े और अपर्यायी यदि वह उसे बदल दे। चूँकि आनुवंशिक कूट अधिकांश तीसरी स्थितियों को और कुछ पहली स्थितियों को चुपचाप बदलने देता है, किसी सामान्य जीन के संभव उत्परिवर्तनों का लगभग चौथाई पर्यायी है। मान लीजिए $d_{S}$ प्रति पर्यायी स्थल पर्यायी प्रतिस्थापनों की संख्या है और $d_{N}$ प्रति अपर्यायी स्थल अपर्यायी प्रतिस्थापन, और दोनों अनेक प्रहारों के लिए सुधरे हुए। पर्यायी बदलाव उदासीन के पास हैं, इसलिए $d_{S}$ $2\mu T$ का आकलन करता है — यानी वह घड़ी; और वह अनुपात

नापता है कि वरण ने उस प्रोटीन का क्या किया है: $\omega = 1$ यदि ऐमीनो-अम्ल बदलाव उतने ही स्वतंत्र हों जितने मौन बदलाव (कोई बंधन नहीं, जैसा किसी आभासी जीन में); $\omega < 1$ शोधक वरण के तहत, जिसमें अधिकांश बदलाव हटा दिए जाते हैं — किसी सामान्य जीन का $\omega \approx 0.1$ से $0.2$ है, हिस्टोनों का $0.001$; और $\omega > 1$ धनात्मक वरण के तहत, जिसमें ऐमीनो-अम्ल बदलावों का पक्ष अकेले अपवाह की छूट से तेज़ी से लिया जाता है — यानी MHC अणुओं की प्रतिजन-बंधक खाँच, प्रतिरक्षियों के साथ किसी होड़ में पड़े विषाणुओं के पृष्ठ-प्रोटीन, निषेचन के शुक्राणु तथा अंड प्रोटीन, और रोमंथियों की लाइसोज़ाइम, जिसे आमाशय में जीवाणु पचाने के लिए भर्ती किया गया। किसी वृक्ष की किसी एक शाखा पर या स्थल-दर-स्थल गणित किया गया $\omega$ यह मानचित्रित कर देता है कि कोई प्रोटीन कहाँ और कब संयोग से नहीं बल्कि वरण से बदला गया।