Sebuah organisme digolongkan lewat tiga jawaban. Sumber energinya: cahaya (fototrof) atau reaksi kimia (kemotrof). Sumber elektronnya: zat anorganik — , , , , air — (litotrof) atau molekul organik (organotrof). Sumber karbonnya: (autotrof) atau karbon organik (heterotrof). Tumbuhan dan sianobakteri adalah fotolitoautotrof; hewan, fungi, dan E. coli adalah kemoorganoheterotrof; bakteri penitrifikasi dan pengoksidasi belerang adalah kemolitoautotrof, yang membuat bahan organiknya dari dengan energi yang ditarik dari oksidasi mineral, di dalam gelap. Hampir setiap gabungannya ada di suatu tempat di antara prokariot; eukariot hanya menempati dua.