Een organisme wordt ingedeeld aan de hand van drie antwoorden. Zijn energiebron: licht (fototroof) of chemische reacties (chemotroof). Zijn elektronenbron: anorganische stoffen — , , , , water — (lithotroof) of organische moleculen (organotroof). Zijn koolstofbron: (autotroof) of organische koolstof (heterotroof). Planten en cyanobacteriën zijn foto-litho-autotroof; dieren, schimmels en E. coli zijn chemo-organo-heterotroof; de nitrificerende en de zwaveloxiderende bacteriën zijn chemo-litho-autotroof: ze maken hun organisch materiaal uit met energie uit de oxidatie van mineralen, in het donker. Bijna elke combinatie komt ergens onder de prokaryoten voor; eukaryoten bezetten er slechts twee.