Un organisme se classe d’après trois réponses. Sa source d’énergie : la lumière (phototrophe) ou des réactions chimiques (chimiotrophe). Sa source d’électrons : des substances minérales — , , , , l’eau — (lithotrophe) ou des molécules organiques (organotrophe). Sa source de carbone : le (autotrophe) ou du carbone organique (hétérotrophe). Les plantes et les cyanobactéries sont photolithoautotrophes ; les animaux, les champignons et E. coli sont chimioorganohétérotrophes ; les bactéries nitrifiantes et sulfo-oxydantes sont chimiolithoautotrophes : elles fabriquent leur matière organique à partir du avec une énergie tirée de l’oxydation de minéraux, à l’obscurité. Presque toutes les combinaisons existent quelque part chez les procaryotes ; les eucaryotes n’en occupent que deux.