Un organismo se clasifica según tres respuestas. Su fuente de energía: la luz (fotótrofo) o reacciones químicas (quimiótrofo). Su fuente de electrones: sustancias inorgánicas — , , , , el agua — (litótrofo) o moléculas orgánicas (organótrofo). Su fuente de carbono: el (autótrofo) o el carbono orgánico (heterótrofo). Las plantas y las cianobacterias son fotolitoautótrofas; los animales, los hongos y E. coli son quimioorganoheterótrofos; las bacterias nitrificantes y las oxidantes del azufre son quimiolitoautótrofas: fabrican su materia orgánica a partir del con la energía obtenida de la oxidación de minerales, en la oscuridad. Casi todas las combinaciones existen en algún procariota; los eucariotas solo ocupan dos.