Um organismo é classificado por três respostas. Sua fonte de energia: a luz (fototrófico) ou reações químicas (quimiotrófico). Sua fonte de elétrons: substâncias inorgânicas — , , , , água — (litotrófico) ou moléculas orgânicas (organotrófico). Sua fonte de carbono: o (autotrófico) ou o carbono orgânico (heterotrófico). As plantas e as cianobactérias são fotolitoautotróficas; os animais, os fungos e E. coli são quimiorganoheterotróficos; as bactérias nitrificantes e as oxidantes de enxofre são quimiolitoautotróficas: produzem sua matéria orgânica a partir do com a energia tirada da oxidação de minerais, no escuro. Quase todas as combinações existem em algum lugar entre os procariotos; os eucariotos ocupam apenas duas.