全部书籍

专业

应用 关于 Coach 登录 开始阅读

书籍暂未推出简体中文版——当前显示 Nederlands 版。

Biologie · 术语表

什么是 Diversiteit?

Definitie 14.4 Universitaire biologie — jaar 3 · 第 14 章 — Microbiomen en symbiosen

Voor een gemeenschap van SS soorten met relatieve abundanties p1,…,pSp_{1},\dots, p_{S} (∑pi=1\sum p_{i} = 1) geldt: de rijkdom is SS; de shannonindex H=−∑ipiln⁡piH = -\sum_{i} p_{i}\ln p_{i} meet de onzekerheid over de soort van een willekeurig getrokken individu, en eHe^{H} is het aantal even talrijke soorten dat dezelfde onzekerheid zou geven (het effectieve aantal soorten); de simpsonindex D=∑ipi2D = \sum_{i} p_{i}^{2} is de kans dat twee willekeurig getrokken individuen van dezelfde soort zijn, en 1/D1/D is een ander effectief aantal, dat naar de algemene soorten neigt. De rijkdom hangt af van hoeveel individuen men heeft bekeken: een rarefactiecurve zet de gevonden soorten uit tegen het aantal bemonsterde individuen, en vlakt af zodra de meeste soorten zijn gezien.

示例

Voorbeeld 14.6 (Twee darmen)

Een monster van 10001000 reads van de ene persoon levert 150150 soorten op, met H=3.5H = 3.5 en 4040 eenlingen; een monster van 50005000 reads van een andere levert 260260 soorten op. De tweede is niet noodzakelijk diverser: er is vijf keer dieper bemonsterd, en tot 10001000 reads gerarefieerd kan zij er evengoed 150150 geven. De dekking van het eerste monster is 1−40/1000=96 %1 - 40/1000 = 96\,\%: vier procent van de bacteriën in die darm behoort tot soorten die het monster nooit zag, en een dieper monster zal ze vinden. De effectieve aantallen, e3.5≈33e^{3.5} \approx 33 soorten aan gelijkmatigheid tegenover een rijkdom van 150150, zeggen dat enkele soorten overheersen — en zo ziet elke darm eruit.

在原文中阅读 →